Am 15. Oktober 1795 wurde die Kirche durch napoleonische Soldaten verwüstet. Die Schäden konnten erst in den Jahren 1868/69 richtig behoben werden. Die Kirche wurde im Inneren verputzt und Altar und Kanzel angestrichen und vergoldet. Bei dieser Gelegenheit konnte auch ein Tabernakel eingerichtet werden. Durch ein päpstliches Dekret erhielt die Gemeinde nun die Erlaubnis, das Allerheiligste dort aufzubewahren.

Umbau und Anbau sowie Erneuerung des Turms (1903-1906)

Der aus dem 11. und 12. Jahrhundert stammende Kapellenturm zeigte in der oberen Hälfte mehrere etwa zwei bis drei Meter lange Risse, die sich durch das gesamte Mauerwerk hinzogen. Der Turm war talabwärts schon um mehr als 40 Zentimeter aus dem Lot gewichen. Daher verfügte das Landratsamt im Sommer 1903 dessen Absperrung und Niederlegung. Am 1. Oktober 1903 wurde der Turm  niedergelegt und der Glockenstuhl mit dem Geläut auf dem Kirchhof aufgebaut.

Nach vielen Schwierigkeiten, die durch den Nomborner Bürgermeister verursacht wurde und der auch später vom Landrat abgesetzt wurde, konnte mit den Arbeiten für den Umbau begonnen werden. Das Kirchenschiff wurde um fünf Meter verlängert und der Glockenturm auf der Südseite an das Schiff angelehnt. Durch Spenden und Schenkungen sowie einer Anleihe beim kirchlichen Diözesanfonds konnten die Kosten gedeckt werden. Die Einweihung der Kirche mit nun 150 Plätzen fand am 1. Oktober 1906 durch Dekan Haas statt.

Im Jahr 1908 wurde die Kirche im Inneren durch den Maler Friedrich Rauch einfach und würdig bemalt. Ebenfalls im Jahr 1908 wurde die Kirchhofsmauer von der Ortsgemeinde teils ganz neu aufgeführt und ausgebessert, sodass die Kapelle und ihre Umfriedung mit den alten Linden ein schönes Bild ergaben. Nördlich des Kilians-Chorraums wurde 1936 eine Sakristei angebaut. Dabei wurde auch ein Kamin eingebaut, um den Raum zu beheizen.

Umbau und Anbau der Kirche (1949-1951)
Ende 1949 beschlossen die Bürger von Nomborn, ihre Kapelle umzubauen. Dabei sollte der alte Chorraum, der ja aus der Zeit vor dem 30-jährigen Krieg stammt, geschont werden. Quer dazu sollte ein Chor und ein Schiff neu erstellt werden. Im Winter 1949/50 wurde der alte Friedhof geräumt und im Frühjahr – bevor die Feldarbeit begann – wurden die Erdarbeiten erledigt.

Die Steine wurden oberhalb des Dorfes auf der „Kirchensteinkaut“ gebrochen und herangefahren mit Kuh- und Pferdegespannen. Laut Pfarrer Ehl beteiligte sich das ganze Dorf daran mit großem Eifer. Am
Pfingstmontag im Jahr 1950 wurde der Grundstein gelegt. Abends brachten Jugendliche die Bausteine auf das Gerüst, damit die Handwerker den Tag über damit arbeiten konnten. So stieg die Mauer schnell in die Höhe. Vor dem Winter waren die Außenarbeiten beendet und das Dach gedeckt. Im Winter und im Frühjahr wurden die Innenarbeiten durchgeführt, sodass am 8. Juli 1951, dem Patronats-Tag, der Neubau und der neue Altar eingeweiht wurden. Unter Anteilnahme der ganzen Gemeinde und im Beisein von Domkapitular Merkel wurde der Tag festlich begangen.
1035-2007 Sankt Kilianskirche 13 Auch schon damals, kurz nach der Währungsreform 1948, haben die Gemeindemitglieder das Geld durch Spenden und Stiftungen für ihre Kirche aufgebracht. Auch die Ortsgemeinde beteiligte sich mit einem Zuschuss. Auf Anregung und unter Federführung von Kaplan Boes wurde im Jahr 1953 das Jugendheim angebaut.

Instandsetzung des Daches und Verstärkung der alten Eichen-Balken der historischen Kölner Decke im Jahr 2005
Die vorhandenen Schieferdeckungen mussten erneuert werden, weil sie zahlreiche Schadstellen aufwiesen. Vor allem Regenwasser hatte dazu geführt, dass Teile der aus Eichenholz gefertigten Dachkonstruktion feucht geworden waren. Insbesondere die Ankerbalken der Decke über dem historischen Kirchenraum waren von Fäulnis betroffen. Außerdem wurde festgestellt, dass Teile der Sparren-Konstruktionen der Dächer über dem alten Kirchenraum und dem Chor fehlten. Sie wurden in zimmermannsmäßiger Ausführung ergänzt.
Die Instandsetzung und substanzschonende Sanierung erfolgte in Abstimmung mit dem Landesamt für Denkmalpflege, damit die verputzten und bemalten Deckenflächen nicht beschädigt wurden. Nach Abschluss der Zimmererarbeiten wurden die Dachflächen nach historischer Vorgabe mit Moselschiefer in altdeutscher Deckung neu eingedeckt.